Zum Inhalt:

Ayato, nun ordentlicher Pilot von RahXephon, trifft seine Freundin Hiroko wieder. Aber irgendwas stimmt nicht. Tatsächlich hat sie Riesenroboter im Schlepptau, die das H.Q. angreifen. Bei diesem Kampf wird Hiroko getötet und Reika schwer verletzt. Die Ärzte geben ihr nur noch kurze Zeit. Ein mysteriöses Signal verbindet RahXephon und Reika, das, je stärker es wird, das Leben Reikas zu fordern scheint. „Ich muss nach Tokyo zurück“ sagt sich Ayato, um Reikas Leben zu retten. Dort findet er aber etwas anderes: ein Geheimnis, das sein bisheriges Leben in Frage stellen wird.